Organisée en 3 services, la Direction de l’Eau, de la Biodiversité et du Climat (DEBC) regroupe 64 agents sur 4 sites. Elle coordonne notamment les politiques régionales en matière de parcs naturels régionaux, réserves naturelles, éducation et formation à l’environnement, connaissance de la biodiversité, trames vertes et bleues, gestion de l’eau (quantité/qualité/milieux/usages), résilience au changement climatique (inondations, sécheresses, solutions fondées sur la nature…). Depuis plus récemment elle coordonne le projet Life intégré Biodiv’Est, ainsi que les 228 sites Natura 2000.

Au sein de la direction de l'Eau, de la Biodiversité et du Climat, le service Ill domaniale et canaux assure les missions d’entretien et d’investissement sur le domaine public fluvial de l’Ill de Colmar à Strasbourg (220 km de cours d’eau, 78 ouvrages). Il assure notamment la régulation et la maintenance des ouvrages hydrauliques, l'entretien des berges et digues, l'exploitation de centrales hydroélectriques et les relations avec les communes, agriculteurs et entreprises riveraines.

Depuis 2022, le service pilote le projet de restauration du canal du Rhône au Rhin déclassé (24 km, 11 écluses). Ce projet revêt différentes dimensions : restauration de la trame verte et bleue, recharge de nappe, remise en navigation, développement de services, production hydroélectrique.