Le musée du Louvre est un établissement public administratif sous tutelle du ministère de la Culture regroupant le musée national du Louvre, le musée national Eugène Delacroix, le Jardin des Tuileries, la gypsothèque du Louvre à Versailles et un centre de conservation situé à Liévin. Conformément au décret n° 92-1338 du 22 décembre 1992 modifié, le musée du Louvre a notamment pour mission de conserver, protéger, restaurer pour le compte de l’Etat et présenter au public les œuvres des collections inscrites sur les inventaires du musée du Louvre et du musée national Eugène Delacroix et des œuvres déposées dans le jardin des Tuileries ; d’assurer dans les musées et jardins qu’il regroupe, et par tout moyen approprié, l’accueil du public le plus large, d’en développer la fréquentation, de favoriser la connaissance de leurs collections, de mettre en œuvre des actions d’éducation et de diffusion visant à assurer l’égal accès de tous à la Culture ; d’assurer l’étude scientifique de ses collections ; de concourir à l’éducation, la formation et la recherche dans le domaine de l’histoire de l’art, de l’archéologie et de la muséographie et de gérer un auditorium. Pour l’accomplissement de ses missions, le musée du Louvre coopère notamment avec les collectivités publiques et les organismes de droit public ou de droit privé, français ou étrangers, poursuivant des objectifs répondant à sa vocation.
Les équipes du musée du Louvre (2300 agents environ) contribuent également à la programmation culturelle du Louvre Lens et du Louvre Abu Dhabi.
Une agence comptable placée auprès de l’établissement public et dirigée par un comptable public nommé conjointement par le ministre chargé du Budget et le ministre de la Culture exerce les missions fixées par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Composée de 32 collaborateurs, l’agence comptable est chargée d’une double mission : s’assurer de la conformité des opérations de gestion financière et comptable à la réglementation en vigueur et s’assurer la qualité des comptes de l’établissement. L’agence comptable a en charge le paiement de l’ensemble des dépenses (personnel, fonctionnement et investissement) ainsi que l’encaissement de toutes les recettes de l’établissement. Elle gère également la trésorerie, tient la comptabilité générale du musée du Louvre et produit le compte financier présenté chaque année au conseil d’administration.
Dès 2015, le musée du Louvre s’est engagé dans une démarche de certification qui lui a permis de voir ses comptes annuels certifiés, avec seulement une réserve émise par le collège de commissaires aux comptes. Cette réserve portait sur « l’absence d’inventaire physique des immobilisations incorporelles et corporelles, hors œuvres d’art et parc immobilier ». Celle-ci a pu être levée en 2019 grâce à une démarche de fiabilisation de l’inventaire physique menée entre 2017 et 2019 qui a permis de répondre aux exigences des contrôleurs. Depuis 2019, les comptes sont certifiés sans réserve.