Contribuer au développement d'une filière aquacole durable, économiquement viable, innovante et adaptée aux contraintes environnementales, sanitaires et territoriales propres à Mayotte, en appui aux politiques publiques départementales en matière d'aquaculture marine et continentale.
La direction souhaite accompagner l'émergence, la structuration et la professionnalisation des activités aquacoles, favoriser la diversification des productions et soutenir  des projets contribuant à la souveraineté alimentaire, à la création de valeur locale et à l'emploi, dans le respect des équilibres écologiques et des réglementations en vigueur.
Elle participe à l'aide à la décision publique par l'analyse des enjeux techniques, économiques et environnementaux de la filière aquacole, le suivi des dispositifs d'intervention du Département, la mobilisation des financements nationaux et européens, ainsi que la coordination des partenariats institutionnels, scientifiques et professionnels.