La commune de L'Isle-sur-le-Doubs se situe dans la vallée du Doubs, entre Besançon et Montbéliard, à 25 km de Montbéliard, 60 km de Besançon et 40 km de Vesoul.
Elle constitue un pôle périurbain offrant des services et des équipements diversifiés qui répondent à la majorité des besoins quotidiens et/ou hebdomadaires d'un bassin de vie rurale.
Elle est desservie par la ligne ferroviaire Dijon- Belfort.